Luftföroreningar från färjorna anses vara en betydande miljöpåverkan från hamnen. Trots att föroreningarna ligger under gränsvärdena är det många ystadbor som besväras av lukt.
Hamnen har ingen rådighet över färjorna. Trots det försöker man, bl.a. tillsammans med Miljöförbundet Ystad-Österlen och Länsstyrelsen, föra en dialog med rederierna för att finna lösningar som t.ex. landelanslutningar. På så sätt skulle fartygen slippa att använda sina hjälpmotorer medan de ligger vid kaj.
I miljödomstolens deldom rörande ombyggnaden av hamnen (som vann laga kraft 25/9 2009) ställdes krav på att Ystad Hamn Logistik AB skulle göra ett antal utredningar. För att minska utsläppen till luft skulle hamnen bland annat utreda möjligheten att installera landel vid samtliga färjelägen så att fartygen kan få el från land. Utredningen om landel var klar och lämnades in till miljödomstolen vid årsskiftet 2009/10.
Klicka på denna länken för att läsa mer om utredningen.